Tổ Hành chính Trường THPT chuyên Nguyễn Huệ có nhiệm vụ thực hiện các công việc hành chính và phục vụ cho công tác giảng dạy của Trường. Tổ gồm các bộ phận: kế toán, thủ quỹ, văn thư, y tế, bảo vệ, phục vụ. Tuy không trực tiếp giảng dạy học sinh nhưng công việc của Tổ lại có nhiều tác động đến quá trình giảng dạy và học tập của giáo viên và học sinh. Những công việc đó có liên quan đến điều hành chung hoạt động của nhà trường như đảm bảo điều kiện vật chất, tài chính, chuẩn bị các điều kiện tốt nhất cho giờ lên lớp của giáo viên cũng như các em học sinh. Căn cứ theo nhiệm vụ năm học của Trường, các bộ phận luôn chấp hành nghiêm túc công việc theo vị trí việc làm của mình, nhằm thực hiện tốt nhất kế hoạch nhà trường đề ra.